Resumo
12.000 anos despois dos acontecementos de Sousei no Aquarion, a humanidade está ameazada por un novo inimigo doutra dimensión etiquetado como "Secuestradores", que ao igual que os anxos sombra invaden as cidades humanas para secuestrar aos seus habitantes. Para defender a humanidade desta invasión, a organización Neo-DEAVA establece dous equipos, un composto só por machos e outro só por femias, pilotando cada un as súas propias máquinas xigantes chamadas "Aquaria". Para protexer ao seu novo amigo Mikono, a adolescente Amata Sora decidiu usar os poderes que mantivo en segredo toda a súa vida e combinando Vectors con pilotos masculinos e femininos nun só robot, o lendario xigante Aquarion renace unha vez máis.