Un Zoanoid tipo test escapa da Kronos Corporation con tres unidades Guyver. Os soldados de Kronos intentan recuperar as unidades do tipo de proba, pero son frustrados cando o tipo de proba detona unha bomba que ocultou na súa bolsa. As unidades Guyver están espalladas na explosión. Dous mozos estudantes de secundaria, Sh? Fukamachi e Tetsur? Segawa, topa cunha Unidade Guyver perdida coñecida como "Unidade I". O segundo recuperouno Kronos e mestúrase con Oswald A. Lisker para converterse no segundo Guyver máis tarde. A unidade final cae nas mans de Agito Makishima, que se funde con ela nun momento sen especificar. Sh? activa accidentalmente a unidade que logo se funde dolorosamente con el.
Co tempo, Sh? aprende máis sobre o Guyver e as súas habilidades. O Guyver é practicamente invulnerable e o seu único punto débil é o Control Metal. Con esta parte intacta, pode reconstruír o host a partir dos datos almacenados dentro. Non obstante, se esta parte está danada, a unidade é comida viva pola unidade e perece. Isto é desconcertante e Sh? comeza a cuestionarse se algunha vez estará libre do Guyver. A situación empeora gradualmente a medida que aparecen zoanoides continuamente máis potentes. Isto fai que sexa cada vez máis difícil protexer aos seus amigos, que non son inmortais.
