Esta manga ten lugar nunha escola onde os estudantes están baseados en famosos shoguns da historia xaponesa. Sengoku Gakuen foi como unha escola normal, pero Oda Nobunaga, a presidenta dos estudantes, derrubou aos profesores e prácticamente converteunos en impotentes. Construíu unha escola para os estudantes e para os estudantes. Nobunaga acabou graduándose e deixou a Hideyoshi no cargo como presidente dos estudantes. Non obstante, Hideyoshi pronto abandona a escola para axudar a Nobunaga a gobernar Xapón ao gobernar a Sengoku Gakuen.
A historia recóllese aquí porque hai unha batalla entre Ishida Mitsunari, un rapaz erguido e conservador, pero traballador, e Tokugawa Ieyasu, o presidente da escola temporal que ten moitos seguidores, que loitan polo asento do presidente da escola. Tamén vemos outras figuras famosas como compañeiros como Ootani Yoshitsugu que segue lealmente a Mitsunari e Oichi, a irmá menor de Nobunaga. Quen gañará a posición de presidente do corpo do alumno e tomará o mando da escola?
