Resumo
A historia está ambientada nun futuro afastado. A terra está arruinada e a humanidade establece a fortaleza móbil Plantation. Os pilotos producidos dentro de Plantation viven en Mistilteinn, tamén coñecido como a "gaiola dos paxaros". Os nenos viven alí sen saber nada do mundo exterior nin da liberdade do ceo. As súas vidas consisten en loitar para levar a cabo misións. Os seus inimigos son misteriosas formas de vida xigantes coñecidas como Kyōryū, e os nenos pilotan robots chamados Franxx para enfrontarse a eles. Para os nenos, montar o Franxx demostra a súa existencia.
Un rapaz chamado Hiro chámase Code: 016, e foi coñecido como un prodixio. Non obstante, quedou atrás e a súa existencia parece innecesaria. Non pilotar un Franxx é o mesmo que deixar de existir. Un día aparece unha misteriosa moza coñecida como "Zero Two" diante del. Da súa cabeza medran dous cornos.