En AG 101 (o ano 101 do calendario de xeración avanzada) unha misteriosa entidade coñecida só como "UE" ou "inimigo descoñecido", ataca e destrúe a colonia espacial Anxo. Este brutal ataque faise famoso como "O día no que o anxo caeu" e marca o comezo da guerra da humanidade pola supervivencia. A serie comeza no AG 108 cando a UE ataca a colonia espacial Ovan, onde agora vive Flit Asuno despois de que escapara da colonia Anxo antes da súa destrución. A nai de Flit pouco antes de ser asasinada pola UE, dálle ao seu fillo un obxecto chamado "Dispositivo AGE". Dentro dela descobre os planos dunha poderosa arma do pasado: o antigo mesías chamado "Gundam".
A partir destes planos, Flit pasa os próximos anos estudando enxeñaría nunha base da Federación da Terra na colonia espacial Nora e deseñando o Gundam AGE-1. Sete anos despois, en AG 115, Flit completa o Gundam AGE-1 Normal, igual que a UE ataca a Nora, e faino para axudar á tripulación do acoirazado da Federación "Diva" a evacuar aos cidadáns da colonia antes de que sexa destruída. Decidido a levar a batalla á UE por destruír a súa casa dúas veces, Flit acepta servir no escuadrón de traxe móbil de Diva pilotando o Gundam. Despois de obter suficientes datos e poder militar para establecer un curso de acción, a tripulación de Diva e os seus aliados lanzan un exitoso ataque que destruíu a fortaleza secreta da UE no asteroide Ambat. Alí aprenden que os UE son en realidade os descendentes dunha suposta misión humana fallida enviada para colonizar Marte, deixada para a morte pola Federación da Terra, que formaron a súa propia nación no planeta vermello chamado Veigan.
