Resumo
Pasaron os anos despois das aventuras de Yugi e agora tócalle a Yuki Judai. Yuki Judai é un novo estudante da escola Duel Academy, unha escola dedicada a ensinar ao duelista as bases e as técnicas avanzadas. Judai está decidido a ser o duelista número 1 do mundo, aceptando desafíos dos seus rivais (e amigos). Aínda que o manga está baseado no anime, a historia é realmente diferente e non ten relación.